El horizonte de investigación propuesto inicialmente para diez años del Programa planteaba la necesidad de generar un proceso sistemático de conocimientos articulados, profundo e integral, sobre las dimensiones socio-culturales de la salud reproductiva en el país.
            Se proponía, desde un inicio, un programa de investigación que buscara comprender las interacciones entre los procesos sociales y culturales, las condiciones de vida, las necesidades de la población, las políticas sociales y la salud reproductiva. La estrategia planteaba privilegiar la perspectiva de los actores sociales involucrados, intentando conocer sus percepciones y necesidades, así como los significados que atribuyen a sus acciones. Con este programa de investigación se esperaba poder evaluar el alcance y la efectividad de las políticas y los programas que afectan las dimensiones sociales de la salud reproductiva.
            Los pasos iniciales de esta estrategia consistieron en la reflexión y discusión teórico-metodológica intra e interinstitucional, intersectorial e interdisciplinaria para precisar las principales dimensiones socio-culturales que influyen en la salud reproductiva, las necesidades de investigación más relevantes y los temas prioritarios para el Programa. Se abrió una convocatoria para apoyar técnica y financieramente investigaciones de corto plazo sobre estos temas prioritarios, y se formaron grupos de trabajo para diseñar propuestas individuales o colaborativas de investigación a mediano y largo plazo y para brindar impulso y apoyo técnico especializado a diversos procesos de investigación. Para las investigaciones de mediano y largo plazo realizadas o coordinadas por profesores del Programa se planteaba la necesidad de buscar fuentes de financiamiento complementarias. Se señalaba que el programa de investigación requería desarrollar previamente los marcos analíticos que permitieran su sustentación, y que sus alcances dependían de la posibilidad de poder complementar recursos de El Colegio de México, de la Fundación Ford y de otras fuentes.
            A lo largo del proceso se identificó un número limitado de temas de investigación que permitían la participación intensa y comprometida de los profesores del Programa en los procesos de generación de conocimientos. Estos temas fueron abordados, a partir de la segunda etapa del Programa, en espacios de interacción interdisciplinaria, intersectorial e interinstitucional denominados grupos de trabajo. En estos grupos se desarrollaron debates, reflexiones teórico-metodológicas y marcos conceptuales, se retroalimentó el desarrollo de diversas investigaciones, se elaboraron bibliografías comentadas y estados del arte, se elaboraron propuestas individuales y colaborativas de investigación y se iniciaron procesos de investigación.
            Especialmente en la tercera etapa del Programa se desarrollaron procesos de investigación de mediano y largo alcance que incorporan las dimensiones de desigualdades socioeconómicas y de género, comparan diferentes grupos y contextos socio-culturales, privilegian la perspectiva de los actores sociales y combinan técnicas cuantitativas y cualitativas de investigación. Desde el eje temático sobre violencia intrafamiliar se desarrolló una investigación colaborativa interdisciplinaria y un programa de intervención, en los que participan instituciones de investigación y otras involucradas en programas de acción sobre el tema en cuatro ciudades del país. En el eje sobre adolescentes y jóvenes se iniciaron tres procesos de investigación, dos de ellos multicéntricos y comparativos con otros países, y un tercero que abarca seis contextos diferentes de México. En el eje de sexualidad y género se están llevando a cabo dos investigaciones, una de ellas abarca un contexto urbano y otro rural. En derechos reproductivos e instituciones se está participando en una investigación sobre derechos, sexualidad y reproducción en la experiencia de los varones que abarca tres lugares del país. Para estas investigaciones se obtuvieron financiamientos de diversas fuentes que complementan los recursos de El Colegio y la Fundación Ford: ops, bid, conacyt, oms, Fundación MacArthur, The Futures Group International, entre otros.
            Al trabajo directo de coordinación de investigaciones de mediano y largo alcance que están haciendo los profesores del Programa se agrega el impulso a la investigación generado en los grupos de trabajo, que ha significado un soporte importante para un número considerable de investigaciones sobre diversos temas de salud reproductiva elaboradas por personas que participan o participaron en esos grupos. Otro factor dinamizador de investigación sobre el tema ha sido la labor formativa a la que se han abocado los profesores del Programa en estos años, que ha resultado en un buen número de tesis de maestría y doctorado sobre salud reproductiva. Hacia el final de la tercera etapa del Programa se encuentran terminadas y en proceso de difusión de sus resultados las once investigaciones de corto plazo impulsadas en la primera etapa, una veintena de tesis de posgrado sobre el tema y numerosas investigaciones sobre género y sexualidad, sobre salud reproductiva de los adolescentes y jóvenes, sobre dimensiones socioculturales de la anticoncepción, sobre masculinidad y sobre derechos reproductivos que han recibido impulso y retroalimentación en los grupos de trabajo, seminarios y asesorías del Programa.
            Las investigaciones de mediano y largo alcance coordinadas por profesores del Programa que se iniciaron en la segunda y tercera etapa se encuentran algunas en la fase de trabajo de campo y sistematización de datos, y otras iniciando el análisis preliminar de los resultados. En algunos de los temas se están sistematizando, además, las reflexiones, experiencias y debates y los marcos teórico-conceptuales construídos para la elaboración de conocimientos.
            Los logros obtenidos en investigación en los primeros seis años del Programa son considerables. Sin embargo, para alcanzar los propósitos iniciales de evaluación y diagnóstico de los principales aspectos sociales de la salud reproductiva en el país se requiere complementar este esfuerzo generando otros procesos de investigación que, en conjunto con los anteriores, permitan proporcionar un panorama integral