El Centro de Estudios Económicos (CEE) fue fundado en 1981 cuando se dividió el Centro de Estudios Económicos y Demográficos (CEED), para dar paso al Centro de Estudios Demográficos y de Desarrollo Urbano y al propio CEE.

Las principales funciones del CEE son la investigación y la docencia. El CEE cuenta actualmente con 18 profesores-investigadores de tiempo completo. Todos los miembros de la planta de profesores cuentan con estudios de posgrado en Economía, y la mayor parte de ellos han sido distinguidos como miembros del Sistema Nacional de Investigadores (SNI). Además de su planta de profesores de tiempo completo, el CEE recibe en forma regular a profesores visitantes de otras instituciones.

El CEE produce numerosas publicaciones de amplia difusión en México y en el extranjero: libros, artículos, documentos de trabajo y la revista Estudios Económicos, fundada en 1984, la cual es una de las publicaciones en economía más prestigiadas de América Latina. Además, El Colegio cuenta con un Centro de Documentación cuyo acervo, de alrededor de 8 000 títulos en el área económica, está orientado al apoyo de las actividades de investigación y docencia.

Desde 1964 se ha venido impartiendo el programa de Maestría en Economía, primero en el desaparecido CEED y, desde 1981, en el Centro de Estudios Económicos. A partir del 2001, el CEE también imparte el doctorado en economía con cinco especialidades: Desarrollo Económico, Economía Industrial, Economía Internacional, Economía Pública y Macroeconomía.