Al igual que los demás Centros, el CEH cuenta con un director (Dr. Ariel Rodríguez Kuri), una coordinadora académica (Dra. Graciela Márquez Colín) y un director de la revista Historia Mexicana (Dr. Óscar Mazín).
Cuenta además con una Junta de Profesores, que es la instancia colegiada que conoce y resuelve sobre los planes de estudio, aplicación del reglamento interno y asuntos diversos relacionados con el programa de doctorado y demás actividades del Centro. Está compuesta por cinco profesores titulares y un suplente, que son elegidos por el Pleno de Profesores. Los miembros de esta junta, de la que también forman parte el director y el coordinador académico, permanecen un año en su cargo.
El Pleno de Profesores está integrado por todos los profesores-investigadores de planta del Centro. Una de sus funciones primordiales es la elección de los miembros de la Junta de Profesores y de la Comisión Evaluadora. Esta última resuelve en primera instancia la contratación y promoción del personal académico del Centro. Está compuesta por dos titulares y un suplente y es presidida por el director del Centro.