Licenciado por El Colegio de México (1975). Maestría (1984), doctorado y post-doctorado (1987-1988) en la Universidad Johns Hopkins.

Desde 1977 es profesor investigador del Centro de Estudios Internacionales de El Colegio de México. Tiene el Nivel III en el Sistema Nacional de Investigadores.

El Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología y las fundaciones Ford y MacArthur le han otorgado becas de investigación.

Ha escrito docenas de libros y artículos académicos.  Entre sus obras están: Historia Documental de la Transición, 1910-2006 (en prensa); México todo en cifras. El Almanaque Mexicano 2009; el Diagnóstico sobre la situación de los Derechos Humanos en México (2003); La Charola: Una historia de los servicios de inteligencia en México, (2001); y El Panteón de los Mitos: Estados Unidos y el Nacionalismo Mexicano, (1998).

Desde 1984 publica una columna semanal, que a partir de 1996 aparece  en el diario Reforma y otros 13 periódicos. Es columnista de El País de España y de Open Democracy del Reino Unido. Desde 2001 es panelista de Primer Plano, programa semanal del Canal 11 de television, del Instituto Politécnico Nacional. A partir de enero del 2009 participa en la mesa política de Primera Emisión, Noticias MVS con Carmen Aristégui.

De 1990 a 1996 fue presidente de la Academia Mexicana de Derechos Humanos y de 1994 a 1999 integrante de la Coordinación Nacional de Alianza Cívica. Actualmente preside Propuesta Cívica.

Hasta diciembre de 2008 fue Presidente del Consejo Directivo de Fundar, un centro pionero en la investigación sobre presupuestos y organismos públicos de derechos humanos.